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authorKai Blin <kai@samba.org>
Mon, 16 Jan 2012 01:01:25 +0000 (12:01 +1100)
committerKai Blin <kai@samba.org>
Mon, 16 Jan 2012 01:01:25 +0000 (12:01 +1100)
antismash_lca2011.html
drawings/html_generation.odg [new file with mode: 0644]
html_generation.png [new file with mode: 0644]
script.txt

index ab980df..35e385b 100644 (file)
   <section class="slide" id="antismash-structure-generation">
   <h2>Creating Structures</h2>
   <img src="genecluster10.png">
+  </section>a
+
+  <section class="slide" id="antismash-browser-new-os">
+  <h1>The Browser is the New OS</h1>
+  </section>
+
+  <section class="slide" id="antismash-website-generation">
+  <h2>Result Page</h2>
+  <img src="html_generation.png" height="650">
   </section>
 
   <section class="slide" id="antismash-frontend">
diff --git a/drawings/html_generation.odg b/drawings/html_generation.odg
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5c654f5
Binary files /dev/null and b/drawings/html_generation.odg differ
diff --git a/html_generation.png b/html_generation.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3493f88
Binary files /dev/null and b/html_generation.png differ
index f0a44e0..00b0cf5 100644 (file)
@@ -375,8 +375,37 @@ correctly. That's because NRPSPredictor failed to predict an exact residue for
 this particular module. The finished product also has an additional chemical
 bond here, but no one figured out how to predict those yet.
 
-svg/web site generation
-
-web frontend...
+antiSMASH is aimed at biologists. For this target audience, you need an
+appealing graphical interface. The easiest way to make a cross-platform
+graphical interface these days is building a dynamic html page. Or so we
+thouantiSMASH is aimed at biologists. For this target audience, you need an
+appealing graphical interface. The easiest way to make a cross-platform
+graphical interface these days is building a dynamic html page. Or so we
+thought. Anybody who actually is a web developer will have had a good laugh by
+now. Once you're doing web applications, you're basically changing different
+operating systems that you need to support to different browsers that you need
+to support. I'm not sure if the pain of that is actually less.
+
+In order to also support our standalone application without webserver support,
+we're currently building a static XHTML page that contains all of the svg
+images. and the text information. Because people might also want to
+programmatically process the output of the software, we're also providing our
+annotations as a comma separated values list.
+
+While I'm talking web stuff, let me also talk about our web frontend a bit.
+As I mentioned before, it's written in python, using the low-fuss Flask
+toolkit, which is based on the werkzeug WSGI library. The thing I like about
+Flask is that it does not force a lot of structure or other libraries on you.
+It has a lot of plugins that help you get stuff done, but you get to mix and
+match the parts you need. In our case, we're using the SQLAlchemy and Mail
+extensions, and I've written a custom "Downloader" extension that can do
+downloads of files on behalf of the user. As you will have guessed from us
+using an SQLAlchemy plugin, we've got an SQL database running behind this.
+The SQL database currently takes care of keeping track of the submitted jobs as
+a queue system. The actual results are still kept on the file system.
+
+We're using JQuery to run the JavaScript parts, mostly because we're also using
+the JQuery SVG plugin to add pop-ups and other contextual information to the
+SVGs.